PATRNER_IPN для исходящих и входящих НН/РК должно быть заполнено всегда, хоть контрагент является плательщиком, хоть неплательщиком НДС (для таких предусмотрены спец коды 100000000000, 500000000000 и т.д.).
В программе при создании НН/РК поле ИНН покупателя является обязательным и для него реализован контроль заполнения, не зависимо является предприятие филиалом или главным офисом.